“新生”的人文社会科学学院，下设社会科学系和外语系，依托中国科学院的科技政策与管理科学研究所、自然科学史研究所、心理研究所等单位的教育资源，以促进该院研究生在人文精神和科学精神两方面有机融合与和谐发展。新的社会科学系即该研究生院原“人文社会科学教学部”，外语系即原“外国语言教学部”。

　　另外，我国自然辩证法界影响最大和最具学术权威性的刊物——《自然辩证法通讯》杂志，将改由人文社会科学学院社会科学系出版。

　　“新生”的地球科学学院，即该研究生院原“地学教学部”，将建成国内规模最大、开放式、网络型地球科学高级人才培养基地。